Desde 1821, desde la declaración de la independencia hasta bien avanzada la época republicana, la división de los tres grados de la educación; primaria, secundaria y superior no existía, estas se confundían. Es más, podemos decir que la educación secundaria o media eran desconocidas.

Durante el gobierno del presidente Agustín Gamarra, lima contaba con varios centros educativos, tanto particulares como estatales, cuyas características principales eran la desorganización y la precariedad, tanto en infraestructura, como en la plana docente. Entre los años 1830 y 1840 existían en Lima 5 colegios, los cuales eran; El Ateneo, fundado por José Joaquín de Mora, otro fundado en la calle del Banco del Herrador, el que regentaron los señores Manuel Orengo y José De Sierra, en la calle de Minería, y el que dirigió Don José Nieto, en la calle de Los Gallos.

En esta época no existía un colegio que se dedicara a dar educación secundaria, tenemos pues el protectorado de Santa Cruz, donde se cree encontrar los antecedentes de la educación secundaria, donde estudiaban los alumnos que querían ser abogados, ellos llevaban antes en un ciclo de 4 años llevaban lo que ahora podría considerarse como educación secundaria. Los que querían ser médicos hacían algo semejante en el Colegio San Fernando.

Debido a estas carencias en la educación secundaria es que las familias más acomodadas enviaban a sus hijos a estudiar al extranjero para llevar una educación de mayor calidad. Un grupo de hombres conscientes de que sólo un cambio radical de enseñanza, podía producir el efecto deseado, planearon la formación de una cultura nueva, erradicando las influencias retrógradas adquiridas hasta ese momento.

Este momento llegaría cuando Domingo Elías y Nicolas Rodrigo decidieron la fundación de un centro de enseñanza y recurren al gobierno que preside el General Agustín Gamarra, quien les prestó franco apoyo, cediéndoles un local del estado, que ocupaba el antiguo Estanco del Tabaco, construcción casi ruinosa que tuvieron que adaptar para los fines educativos.

Lograda la valiosa colaboración es cuando se firman los contratos el 14 de Noviembre de 1840, se decide inaugurar el plantel el día 12 de diciembre del mismo año, día que celebra la festividad de la Virgen de Nuestra Señora de Guadalupe, el plantel que desde entonces lleva el nombre de la virgen. Pero en realidad, el 7 de abril de 1841 se inician las clases con la asistencia de 40 alumnos fundadores. La obra que planearon Don Domingo Elías y Nicolas Rodrigo estaba en marcha semilla vertida bajo los más nobles y generosos auspicios, encerraba al germinar todas las potencialidades del futuro.

Guadalupe significó el primero y mas serio intento de vertebración educacional realmente democrático, frente a la carencia de un sentimiento patriótico, una una vigorosa y enfática afirmación, pues apenas se inician las labores en Guadalupe se dictan por primera vez dentro del plan de estudios, las clases de la Historia y de la Geografía del Perú con Sebastian Lorente.

Según se consignó en el programa de los fundadores, el Colegio de Guadalupe se inauguraría bajo la inmediata autoridad de un eclesiástico recomendable por sus luces y virtudes.